Para asignar quotas de almacenamiento a una base de datos en mysql tendremos que seguir unos pasos previos para preparar el sistema:
En primer lugar asegurarnos que el núcleo Linux está compilado con las quotas activadas. Esto no debería plantear ningún problema, prácticamente todas las distribuciones incorporan un núcleo compilado con cuotas.
A continuación tenemos que asignar cuotas, al menos par el grupo, a la partición que contenga el directorio donde mysql almacena los ficheros de las bases de datos, /var/lib/mysql en mi caso.
Para asignar cuotas a un partición modificamos el fichero /etc/fstab y añadimos como opción grpquota en la línea correspondiente a esa partición, por ejemplo:
/dev/hda5 /var ext3 defaults,usrquota,grpquota,nosuid 1 4
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Esto permitiría poder controlar el espacio de almacenamiento asignado a un grupo en todo el directorio /var.